Ecco, i conti mi tornano.
Le Bajaj 125 hanno corsa 54mm (come farobasso e VNA) e biella più lunga di quella standard dei 125-150 di 5mm.
Questo comporta serie difficoltà nel montaggio di un cilindro Vespa corsa 57, perchè se monti un cilindro PX il pistone al pmi lascerà i travasi in buona parte ostruiti. Non solo, il pistone sporgerebbe - come hai già notato - di oltre 2mm dal cilindro.
Il tuo DR cammina a fatica proprio per questa ragione, di fatto i travasi non sono mai completamente aperti, e anzi risultano abbanza chiusi anche al pmi.
Stanti così le cose, per adattare un gruppo per PX ai motori Bajaj 125 occorrerebbe in linea teorica spessorare di 5mm la base del cilindro e abbassare di 1,5mm la testata. Dico in linea teorica perchè il procedimento è empirico e, come mi ha raccomandato MrOizo, per la buona riuscita dei lavori è necessario che i travasi al pmi risultino totalmente aperti.
Quindi potrebbero essere necessari anche un paio di mm in più alla base e, di conseguenza, questi mm andrebbero tolti dalla testata o, meglio, dalla parte alta del cilindro (in questi termini parleremmo di un abbassamento di 3,5mm).
Nel tuo caso è più sensato montare un albero Sprint, così da riavere la classica corsa da 57mm e la biella da 105mm.