Non per smontare gli ardori, ma non sono le agenzie che fanno le omologazioni, sono le case costruttrici che le richiedono, il ministero dei trasporti che le rilascia e, in base a quelle, le motorizzazioni immatricolano i veicoli.
In buona sostanza, la tua immatricolazione (immatricolazione, NON omologazione, che quella l'agenzia non può certo cambiartela) non è valida per legge, checchè ne dica o faccia l'agenzia e tu stesso. Per il codice della strada, se vai in due, anche se la carta di circolazione dice che puoi farlo (per errore, ignoranza o dolo), sei passibile di contravvenzione e quant'altro, inoltre, l'assicurazione, in caso di sinistro, può rivalersi nei tuoi confronti (magari, questo, la fantastica impiegata non l'ha specificato).
Questo tanto perché tu sappia a cosa vai incontro, poi, naturalmente, fai come ti pare. Basta che non vai in giro, su forum pubblici, a vantarti di aver fatto una cosa contro la legge.
Ciao, Gino