Le marmitte aftermarket difficilmente calzano a pennello, c'é sempre qualche piccolo lavoro di adattamento per montarle a dovere. Nel tuo caso tocca sul telaio e devi trovare una soluzione per usarla efficacemente.
Se la schiacci di un paio di mm non avrá nessun effetto sulle prestazioni. Quanto rovinarla... se non fai il lavoro non la puoi usare. Fai tu!