Quasi sicuramente il perno dell'albero non é entrato bene in sede nel cuscinetto lato frizione. Prima di riaprire tutto prova a montare il pignone e serrarlo bene alla giusta coppia, se il problema era quello facendo cosí tutto torna normale.
Comunque non ho capito bene cosa intendi che non hai rimontato la primaria. Il cestello frizione con la corona va montato prima di chiudere i carter.