Premetto che l'unico diesel con cui sono rimasto a secco è stato quello dell'ultima fiesta, e siamo ripartiti pompettando durante l'accensione.
Però sapevo che quando rimani senza gasolio se non fai lo spurgo non dovrebbe propio partire, se parte è perchè un po in circolo ne era rimasto.
Se il tuo è partito ma fa così è perchè c'è dell'aria nel circuito di alimentazione.
E potrebbe essere nel filtro, oppure tra la pompa e gli iniettori.
Non conosco il motore ma devono esserci per forza delle valvole da svitare per far uscire l'aria. Prova a cercare qualche schema o libretto del tuo motore, sicuramente è spiegato come fare