Se sono pesantemente arrugginiti vuol dire che hanno perso la zincatura superficiale. Quindi oltre a spazzolarli per bene in ogni sua parte, quindi anche la testa, vanno ripuliti e sgrassati molto bene e poi fatti zincare nuovamente.
Non so quanto valga la pena di far zincare delle viti usate. Se non fai zincare altra roba oppure se non sono delle viti particolari od introvabili penso che convenga metterne di nuove e sei a posto.
Le viti nautiche penso che siano nientemeno che delle viti in inox, che non si arruginiscono.