No, con la capacità del condensatore non si esagera mai (...salvo rimanere entro certi limiti...), personalmente ho usato condensatori da 6800 µF (e anche da 10000 µF) per carichi "importanti".
Ti limiti con la capacità del condensatore solo per motivi di spazio: un condensatore con capacità "grossa" è anche voluminoso ed avresti quindi difficoltà a piazzarlo.
Altresì, direi che 16 V di tensione di lavoro sono un po' TROPPO pochi: considera che partendo da un' alternata 12 V AC, il picco della raddrizzata è 17 V, dopo la caduta sui 2 diodi del ponte abbiamo 15.8 V.
Questo vale se e solo se abbiamo un' alternata 12 V AC <perfetta>, che non ha MAI sovratensioni.
Come arrivano un paio di V di sovratensione, ecco che il condensatore da 16 V si fotte
Personalmente, nella vespa uso condensatori con tensioni di lavoro 35 V (e anche 50 V): già 25 V come tensione di lavoro per un condensatore lo vedrei leggermente insufficiente: tanto per qualche centesimo di € (e qualche mm di ingombro in più) di differenza, è bene comprare condensatori da 35 V (o 50 V).