se hai il motore a puntine il problema è il condensatore. altrimenti, se hai l'accensione elettronica (NOTA BENE, non l'avviamento elettrico con lo starter) potrebbe essere la centralina o il pickup.
non penso che il problema sia dato da una marcia in particolare, se te lo fa più in terza è una casualità dovuta al fatto che magari è la marcia che in genere usi di più o per un range di giri più ampio.