Ciao..l'impianto elettrico è la prima cosa che faccio passare, primo perchè come dici tu ha parecchie diramazioni, secondo perchè è un cablaggio "molle", quindi se lo faccio passare dopo le guaine impunterebbe alla prima incertezza all'interno del telaio.
Non so che modello di vespa hai..però generalmente si parte sempre dal davanti (dal cannotto della forcella o dal nasello anteriore se la vespa lo prevede) per farlo scorrere fino al posteriore (al tunnel centrale sotto al serbatoio).
Per ovviare al problema delle diramazioni si usa del nastro adesivo...in pratica si nastrano assieme al cavo "principale" per formare un unico blocco, poi una volta che l'impianto elettrico è spuntato nel tunnel centrale si toglie il nastro e con pazienza si sistema il tutto facendo passare le diramazioni nei fori laterali, nei gommini e nelle clips di fissaggio.
Per i fori più piccoli tipo quelli freccie etc..uso un pezzo di sonda da elettricista..appunto come sondino..lo faccio passare, poi ci nastro la parte dell'impianto interessata e lo tiro facendo attenzione.
Nessun segreto particolare come vedi...l'unica pecca degli impianti che si trovano in vendita ora è che sono fatti un po da cavolo in quanto la lunghezza dei cavi originaria non è sempre rispettata, alcuni colori possono essere falsati e le guaine di protezione sono sovradimensionate (danno un po di rogne quando le si fa passare nei fori più piccoli)