il discorso è semplice, se monti il cilindro così com'è senza alcuno spessore, rispetto alla configurazione originale avrai il pms più in alto di un millimetro e il pmi più in basso sempre di un millimetro. del pmi puoi anche non preoccuparti. il problema sarebbe al pms, perchè lo squish si abbasserebbe troppo. dunque devi decidere se:
1) mettere uno spessore di 1mm sotto il cilindro
2) mettere uno spessore di 1mm sotto la testa
3) scavare la testa di 1mm (possibilmente inventando un modo per centrarla sul cilindro...)
4) trovare una soluzione ibrida, tipo 0,5mm sotto e 0,5mm sopra il cilindro

in tutti i casi credo che difficilmente il pistone fuoriesca dalla canna...

Per spessorare non accumulare guarnizioni su guarnizioni, anzi ti consiglio di toglierle del tutto, utilizza spessori di rame o alluminio, come dicevo prima. Per la tenuta un filo di ermetico e sei a posto! niente mastici o pasta rossa/nera etc...oltre a creare più spessore, secondo me non hanno la stessa tenuta dell'ermetico ed inoltre tendono a staccarsi.