Ora... mi confermate comunque che dal regolatore dovrebbero uscire 12V e non +/- ?
Dal regolatore di tensione sul polo alternato devono uscire 12 - 12.5 volt (può avere anche picchi di 13 volt) e sul polo in continua per caricare la batteria devono uscire 13 - 13.5 volt (con picchi fino a 14 volt).

Quello che pero' non mi e' molto chiaro e' se possa essere effettivamente anche un solo filo a massa o un filo "sbucciato" a far mandare fuori giri il regolatore.
Potrebbe essere. Un filo che va a massa (in corto) può far passare più corrente di quella che il regolatore può sopportare ed erogare, nel tuo caso (è solo una mia deduzione) girando il manubrio e/o cambiando le marce i fili, o il filo elettrico, si muove andando a massa o a far corto su altre utenze (come le frecce). E dato che non è un guasto continuo nel tempo ma che avviene occasionalmente (mentre guidi) è più difficile da trovare e, rovina il regolatore in un tempo più lungo.