A prescindere dal volano che usi se non hai cambiato l'impianto elettrico della special il rosso serve sempre per spegnere la vespa (dato che è collegato al pulsante al devio luci che scarica a massa e nell'accensione polini il blu corrisponde al "positivo" della centralina che si mette in corto tramite il rosso per far spegnere il motore) e il verde sono sempre le luci più clacson.
Il tuo errore è che stai prendendo il positivo direttamente dalla centralina e è normale che non appena il relè attacca ti apre e chiude il circuito facendoti singhiozzare la vespa.
Secon do me dovresti prendere la corrente per l'intermittenza dal regolatore di tensione dell'accensione polini o dal cavo grigio dell'accensione