Quoto per la frizione. Mi viene da pensare che possa essere un semplice problema di comando, la leva ritorna correttamente o ti sembra che il cavo resti frenato, ritornando con un certo ritardo?
Altrimenti può essere un problema di dischi. Certo che se hai rifatto il motore ed hai lasciato i vecchi dischi, non puoi sicuramente prendertela con la Vespa! I tre dischi costano 5€, non ha senso non cambiarli!

Altra questione: che olio hai messo nel cambio? Può essere lui a far slittare la frizione. Se è un olio a base sintetica, è certamente colpa sua!