Dallo schema che ho sott'occhio vedo che nella scatola di bassa tensione c'è il solito il Nero che è la massa, il Blu che va diretto al regolatore ed il verde che è lo spegnimento del motore.
Se uno di questi 2 fili (Nero e Blu) ha un cattivo contatto può verificarsi il problema da te descritto.
Controllali partendo dallo statore, potrebbe essere un filo cotto, un faston pinzato male, una saldatura sulla bobina o la bobina stessa ...
Non sono pratico di impianti con batteria ma non ci sono molte alternative se mi dici che sei sicuro che l'impianto della vespa funzionava prima della sostituzione del motore.
Gg