Non hai nulla da temere.
Il ciclomotore non è ancora iscritto nel registro della motorizzazione, quindi puoi tranquillamente reimmatricolarlo come da origine, basta che non fai vedere quel certificato per ciclomotore (io lo distruggerei, una volta verificato anche la sigla d'omologazione).
Mi raccomando di non usare carta vetrata o smeriglio, basta un buon sverniciatore ed una spazzola di rame od ottone.
Ciao, Gino