Secondo me la soluzione "a regola d'arte" è quella che menzionavi del riporto di materiale e la successiva modellazione sfruttando la guarnizione del cilindro (in pratica quella originale essendo un DR 177). Secondo me i costi di tale soluzione sono alti.
Per quanto riguarda lo stucco bicomponente, se cerchi tra le varie discussioni, trovi qualcuno che lo ha usato per modellare i travasi dei carter. Ci sono anche delle foto. Secondo me c'è da verificare bene la "presa" di questo tipo di materiale sull'alluminio. In caso di distacco più che rischiare di rompere il cilindro, rischi anche che parte di questo finisca negli ingranaggi (quindi devi aprire il motore).
Hai pensato a trovarli usati su internet ?
Mi sembra di aver capito che tu già montassi il DR prima di cominciare il restauro. Se la vespa ti andava bene, ti suggerirei di lasciare tutto così.... il fatto che i fori sul carter siano più larghi della sezione di ingresso nel cilindro sicuramente provocheranno una perdita di carico e quindi di prestazione..... però, ripeto, se prima la vespa andava bene, lascerei tutto così.