Quando hai chiuso il motore avevi montato il piatto ganasce per tenere bene in sede il cuscinetto dell'asse ruota?
La campana prima di montare il pacco frizione e il pignone, girava liberamente? (Penso di si...il problema è al secondario....)
Da come hai descritto il problema sembra che scaturisca dall'astuccio a rulli in cui si inserisce l'asse ruota quando accoppi i carter.
Hai un foto attuale dell'asse ruota montato nel suo cuscinetto 6204?