Ciao,
che il difetto di cui parli sia dovuto ad una miscela aria/benzina magra lo dimostra il fatto che con il filtro montato, o tirando l'aria il problema si attenua.
Io son propenso a pensare che da qualche parte il motore aspiri aria.
Verifica la tenuta dei componenti che avete rimosso, collettore, carburatore.
Il paraolio lato volano sei sicuro che sia in ordine?
Buon lavoro.
