Io penso che non ti abbiano sostituito il motore ma solo il cilindro, quindi non hanno risolto il problema ma hanno solo riparato il danno.
Probabilmente in fase di assemblaggio c'è stato qualche errore che ti ha fatto smagrire troppo di carburazione. Staticamente è quasi impossibile che due motori diversi abbiano lo stesso problema...
Io comunque opterei per la seconda soluzione, ma prima di rinconsegnare la Vespa segnati i numeri del motore o fai sui carter un piccolo segno con un cacciavite per vedere se ti cambiano l'intero blocco o no
