Se non vuoi adattare i fori..calibro alla mano, misuri il diametro dei fori e ti fai fare da un tornitore dei cilindretti o boccole con un minimo di interferenza che costeranno sicuramente più di 2 euro per l'acquisto del tubo in alluminio; oppure, sempre dal tornitore, fai riprofilare la testa e/o il cilindro per farti fare un incasso in modo che si centri automaticamente al montaggio.
Altro metodo un po meno preciso è quello di utilizzare i prigionieri del cilindro con dovuti spessori:
Prendi i prigionieri in mano e li infili dentro al cilindro, alla base del cilindro metti opportuni spessori (generalmente un numero imprecisato di rondelle) e avviti a mano il dado; infili la testa e serri senza strafare l'altra estremità dei prigionieri usando altrettante rondelle e dadi simulando appunto il montaggio senza carter.
A questo punto guardi il cilindro da sotto centrando "a occhio" la testa muovendola a mano (ecco perchè ti ho detto di non serrare a morte i dadi), fatto questo incidi qualche tacca di riferimento/allineamento tra testa e cilindro.
Rismonti tutto e monti tutto sul carter, arrivato al punto di posizionare la testa non ti resterà che centrare le tacche di riferimento e serrare la testa avendo cura che non si sposti.